L'étude du fonctionnement des habitats lagonaires passe par deux approches complémentaires : d'une part l'étude qualitative et quantitative de la biodiversité des écosystèmes considérés et d'autre part l'étude quantitative de processus et fonction de l'écosystème. Afin de mettre en œuvre ces deux approches, séparément ou en parallèle, une plate-forme d'écologie benthique a été développée, incluant à la fois des méthodes classiques et innovantes.
Les méthodes classiques d'écologie benthique peuvent en effet être appliquées afin de caractériser la granulométrie des sédiments, de quantifier les teneurs en eau et en matière organique des sédiments congelés ou frais (lyophilisateur ou étuve, four à moufle, balance de précision) et d'identifier les espèces de macrophytes (algues et phanérogames marines) ou d'invertébrés macrobenthiques des communautés de sédiments (tri et identification).
L'étude du fonctionnement des communautés benthiques se focalise d'une part sur les processus et fonctions associées au métabolisme des organismes et des communautés, d'autre part, sur la stabilité du sédiment.
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